İstanbul Tıp Fakültesinden mezun olup, 1 yıl Gülhane Askeri Tıp Akademisinde stajyer doktor olarak çalıştı. 1976-1979 yılları arasında Çorlu 61’nci Tümende Kıta Tabibi olarak çalıştı. 1979-1982 yılları arasında Gülhane Askeri Tıp Akademisinde Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon ihtisasını tamamladı ve aynı yerde Başasistan olarak çalıştı. 1984 yılında Yardımcı Doçent oldu. Aynı sene Biyolojik ve Fizyolojik temelleri hakkında TÜBİTAK yaz okuluna katıldı. 1985-1987 yılları arasında İngiltere Sheffield Children’s Hospital ve Longe Moor Hostipal’da Spinal Brifida ve Omurilik Hasarı (Parapleji – Tetrapleji) Rehabilitasyonu üzerinde çalıştı. 1989 yılında üniversite doçenti unvanını kazandı. GATA Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalında öğretim üyesi olarak görev yaptı.
1995 yılında aynı anabilim dalından profesörlüğe yükseldi. 2000 yılında yeni kurulmakta olan TSK Rehabilitasyon ve Bakım Merkezine Baştabip olarak atandı. Bu merkezin tıbbi örgütlenmesini yaptı ve işletmesini başlattı. 2004 yılında emekliye ayrıldı. O tarihten itibaren çeşitli özel kuruluşlarda çalıştı.
Prof. Dr. Ş. Gündüz’ün 15’in üzerinde dış yayımı, çok sayıda yerli tıp dergilerinde yayımı vardır. Pek çok kitap bölümü yazmıştır. Spinar Cord Dergisinin hakem heyetinde yer almış ve pek çok makaleyi yayım öncesi değerlendirmiştir. Türkiye’de Omurilik Rehabilitasyonunda pek çok uygulamayı ilk defa başlatmıştır.