Profesör Doktor Alper Kaya , Dokuz Eylül Tıp Fakültesi’nden 1990 yılında mezun oldu. Daha sonra Van’ın Muradiye ilçesinde bir sene süre ile Adli Tabiplik ve Sağlık Ocağı Tabipliği yaptı. 1991 ve 1997 yılları arasında Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nöroşirürji Kliniği’nde Nöroşirürji eğitimini tamamlamıştır. 1991 yılı sonrasında çalışmaya devam ettiği Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Nöroşirürji Kliniği’nde 2008 senesinin Haziran ayında Nöroşirürji Doçentliği ünvanını almıştır. Almanya ve Hollanda’da değişik dönemlerde özellikle beyin ve omurilik tümör cerrahisi ile ilgili çalışmalarda bulunmuştur. 2010 yılı ocak ayından itibaren Medicalpark Bahçelievler Hastanesi Beyin ve Sinir Cerrahisi bölüm başkanı olarak meslek hayatına devam etmiştir. Daha sonra 2013 yılında İstanbul Altınbaş Üniversitesi Tıp Fakültesi Beyin ve Sinir Cerrahisi Bölüm Başkanlığına atanarak Profesör ünvanı almıştır. 2018 yılı temmuz ayından itibaren meslek hayatına kendi özel muayenehanesinde devam etmekte olup, ameliyatlarını anlaşmalı olduğu Acıbadem, İstanbul Cerrahi, Medicalpark hastanelerinde yapmaktadır.