Prof. Dr. Cüneyt Yılmazer 1982-1986 yılları arasında Lise eğitimini Ankara Meteoroloji Meslek Lisesi’nde tamamladıktan sonra 1986 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi’ne başlamıştır.1993 yılında Tıp fakültesinden mezun olmuştur.

Mezun olduktan sonra Mecburi Hizmetini Kırşehir Kaman Aydınlar Sağlık Ocağında Pratisyen hekim olarak görev yapmış,daha sonra Kırşehir Valiliği Sağlık Müdürlüğü Kamu Sağlığı Şube Müdürü olarak hizmet vermiştir.

1995 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi KBB Ana Bilim Dalı’nda başladığı KBB ihtisasına başlamış olup, 1999 yılında tamamlamıştır. Daha sonra Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi Adana Eğitim ve Araştırma Merkezi KBB Bölümünde Öğretim görevlisi olarak göreve başlamış, 2004 yılında Yardımcı Doçent 2010 yılında Doçentlik ünvanını almıştır.Halen Adıyaman üniversitesi Tıp fakültesi KBB ABD da çalışmalarını sürdürmektedir.