Op. Dr. Ömer Melih Aygün, Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde başladığı tıp eğitimini 1989 yılında başarıyla tamamlayarak, Tıp Doktoru unvanı almıştır. Uzmanlık eğitimini de tamamladıktan sonra, Viyana Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde İnfertilite Tedavileri ve Üreme Sağlığı üzerine 1.5 yıl çalıştı. Sağlık Bakanlığından sertifikalıdır, ve ülkemizin değerli tüp bebek merkezlerinde çalışmıştır. 2005’den beri kendisi gibi Kadın Hastalıkları ve Doğum Uzmanı, ve aynı zamanda Perinatoloji Uzmanı olan kardeşi Op. Dr. Mehmet Aygün ile beraber çalışmaktadır.