1965 yılında Kayseri’de doğdu. Kadıköy Anadolu Lisesinin ardından 1989 yılında İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesini bitirdi. Kalp Damar Cerrahisi uzmanlığını İstanbul Üniversitesi Kardiyoloji Enstitüsünden aldıktan sonra Şişli Florence Nightingale Hastanesinde 10 sene çalıştı. Bu dönemde kısa süreli olarak Belçika’daki OLV Kliniğinde eğitim aldı. 2004 yılında doçent olarak 2006-2016 yılları arasında Fatih Üniversitesinde çalıştı. 2013 senesinde profesör oldu. 2016 yılından bu yana Medipol Mega Üniversite Hastanesinde görevini sürdürmektedir. 1 çocuk babasıdır ve iyi derecede İngilizce konuşmaktadır.

Türkiye’nin birçok bölgesinde ve 30’dan fazla ülkede 100’ü aşkın kalp cerrahıyla eğitim organizasyonları gerçekleştiren Prof. Dr. Mustafa Güden, Kardiyovasküler Cerrahi alanında geleceğin hekimlerine meslek hayatı boyunca edindiği tecrübelerini ve gerçekleştirdiği araştırmalarını aktarmaktadır.